Han hükümdarlığındaki Moğol hâkimiyetini XIII. yüzyılın başlarında kabul eden Kırgızlar, bir müddet sonra Moğol hâkimiyetine karşı isyan etse de ayaklanma kanlı bir şekilde bastırılır. Cengiz Han ölmeden evvel sahip olduğu toprakları dört oğlu arasında paylaştırır. Büyük oğlu Cuci’ye Yenisey Kırgızlarının da içinde bulunduğu Kıpçak topraklarını, Çağatay Han’a Tanrı Dağları Kırgızlarını da içine alan Türkistan’ı, Ögedey’e Doğu ülkelerini veren Cengiz Han, küçük oğlu Tuluy’u ise merkezde bırakır. Cengiz Han sonrasında Moğol hâkimiyetinin, oğulları ve torunları arasındaki taht mücadeleleri sebebiyle zayıflaması neticesinde Yenisey Kırgızları Tatarların hâkimiyetindeki Sibirya Hanlığına katılır; ancak bu hanlık 1580’li yıllarda Ruslar tarafından ortadan kaldırılır. Tanrı Dağları Kırgızları ise Oyratlarla birleşerek tekrar ayaklanır ve 1399’da yeniden bağımsızlıklarını kazanırlar. Ancak yeterince güçlü olamadıkları için kısa bir süre sonra 1425 yılında Kırgız topraklarını bu defa Timur hâkimiyeti altına alır. Timur’un imparatorluğunun kısa süre içerisinde dağılmasından sonra Kırgızların büyük bir kısmı Fergana vadisindeki Özbek Devletinin hâkimiyeti altına girer;
ama Özbek Hanı Ebu’l Hayr Kırgızları Moğol saldırılarına karşı yeterince koruyamaz. Bu yüzden Moğol kabilelerinin saldırıları karşısında zor durumda kalan Kırgızların bir kısmının kuzeydeki Kazakistan bozkırlarına çekildikleri ve Kazak yönetimi altında Kazaklarla beraber yaşadıkları görülmektedir. Kazak-Kırgızlar veya Kara Kırgızlar tabiri de bu dönemde ortaya çıkar. Kırgızların bir kısmının ise bu dönemde güneye Pamir ve Kaşgar bölgelerine çekildikleri ancak işgalcilere karşı mücadelelerine devam ettikleri görülmektedir (Saray, 1993: 17-18-19) (Gömeç, 2002: 29-37).
Hokand Hanlığı Döneminde Kırgızlar
Güney Sibirya bölgesindeki Kırgızlar ve Tanrı Dağlarındaki Kırgızlar, hanlıklarının dağılmasından sonra bazen Moğollar bazen Kalmuklar bazen de Rusların saldırılarına maruz kalırlar. Bu dönemde Yenisey Kırgızlarının büyük çoğunluğunun Tanrı Dağları çevresindeki Kırgızların bölgesine göç ettiği rivayet edilse de bu konuda kesin bir bilgi yoktur. XVII. yüzyılın ortalarına kadar Kazaklarla beraber yaşayan Kırgızlar, Moğol hâkimiyeti sona erdikten sonra doğudan Kalmuk, kuzeyden ise Rus baskısına maruz kalırlar. Kalmuklarla çok çetin mücadeleler yapan Kırgızlar, bu mücadeleler sonunda bazen galip gelseler de çoğu zaman Kalmuklara boyun eğmek zorunda kalırlar. Kırgızların Kalmuklarla mücadeleleri Kırgız kültürünün en önemli eserlerinden biri olan Manas Destanında da anlatılmaktadır.
Rus ve Kalmuk işgalinden korkan Kırgızlar, XVIII. yüzyıl başlarında güneye yönelerek Hokand Hanlığının hâkimiyetini gönüllü olarak kabul ederler. XIX. yüzyılın başlarında ayrı boylar halinde hayatlarını devam ettiren Kırgızlar Hokand Hanlığına bağlı olarak yaşamaktadır. Ancak boyların Hokand yönetimiyle bağları birbirinden farklıdır. Güney Kırgızları çok geçmeden hem nüfus hem de askerî güç bakımından çoğunluğu ele geçirerek Hokand Hanlığı içerisinde askerî ve siyasî yönetimde en üst makamlara kadar yükselirler. Böylelikle bir nevi Hokand Hanlığı yönetiminin de sahibi durumuna gelirler (Dıykanbayeva, 2004: 8-9) (Gömeç, 2002: 46) (Orozobayev, 2014: 21). Kuzey Kırgızları ise Hokand Hanlığının hâkimiyetine girmeden kısmen bağımsız bir yaşam sürerler. Onlar daha çok kendi aralarında savaşırlar. Kuzey Kırgızları arasındaki bu iç mücadelelerin en önemlisi Sarıbagış-Bugu çekişmesidir. Bu çekişme neticesinde Bugu boyu Ruslarla iş birliği yaparak onların hâkimiyetine girmek zorunda kalır (Özgen, 2014: 15).
Özellikle Alimhan döneminde gerçekleştirilen başarılı siyasî ve askerî hamleler sayesinde Hokand Hanlığının sınırları genişler. Bütün Fergana vadisi Hocent, Taşkent ve Çimkent gibi büyük merkezler bu dönemde Hokand Hanlığının egemenliği altına girer. Aynı zamanda jeopolitik açıdan da merkezî Asya, Rusya ve Çin arasındaki kervan yolları üzerinde önemli bir bölgeye hâkim olan Hokand Hanlığının XIX. yüzyılda Orta Asya’da güçlenmesi Buhara Hanlığını harekete geçirir. Buhara ile Hokand emirlikleri arasındaki Fergana vadisini ele geçirme mücadelesi rekabet ve çekişmeyi beraberinde getirir. Türk hanlıklarının iktidar ve toprak hırsı yüzünden birbiriyle mücadeleye tutuşmaları Rusların Orta Asya’daki hâkimiyet planlarına zemin hazırlar (Koşoyev, 2006: 166-167) (Çeçen, 2003: 486-487).
Hanlıkların birbiriyle çatıştığı bu dönemde ilk olarak Kazalinsk kalesini ele geçirerek (1846) Türkistan coğrafyasını istila etmeye başlayan Ruslar, 1846’dan ve 1865’e kadar Kazakistan’ın tamamını, Kırgızistan’ın da kuzeybatı bölgelerini işgal eder. Kırgız Beylerinin kendi aralarındaki husumet ve didişmeleri de Rusların bu bölgelerde daha kolay hâkimiyet kurmalarına fırsat verir. 1864’te Çimkent’i ele geçirmeye çalışan Ruslar, Alimkul komutasındaki Hokand ordusu tarafından yenilgiye uğratılır; ancak bu sırada Buhara Emirliğinin de Ruslarla sürdürülen savaştan faydalanmak için Hokand topraklarına doğru saldırıya geçtiği haberi üzerine geri çekilen Hokand ordusu büyük bir hezimetle karşı karşıya kalır. Hokand Hanı bu talihsiz ve zor durumdan kurtulmak için Osmanlı’dan yardım ister, fakat Osmanlı da o dönemde siyasî ve askerî bakımdan kötü durumda olduğu için yardım gönderemez. Ruslar aynı yıl Çimkent’i, ertesi yıl da Taşkent’i işgal eder. Rus orduları Hokand topraklarını işgal ettikten sonra 1867-1868’de Buhara Emirliğini, 1873’te Hive Emirliğini, 1874-1875’te Türkmenistan’ı işgal ederek bütün Orta Asya’yı kontrolü altına alır (Gömeç, 2002: 50) (Budak, 2003: 19-20) (Dıykanbeyava, 2004: 8-9).
Çarlık Rusya Döneminde Kırgızlar
Ruslar Kırgız boyları arasındaki çekişmelerden faydalanarak Kuzey Kırgızistan topraklarını, Hanlıklar arasındaki çekişmeler sonucunda da güney Kırgızların da yaşadığı Hokand Hanlığı topraklarını ele geçirir. Hokand Hanlığı, Rusya tarafından ortadan kaldırıldıktan sonra, bugünkü Kırgız topraklarını da içine alan bölgede ‘Türkistan Genel Valiliği’ adı altında yeni bir yönetim merkezi oluşturulur. Topraklarının Ruslar tarafından işgal edilmesine karşı zaman zaman ayaklanan Kırgızlar, mücadelelerini Kurmancan Datka önderliğinde uzun yıllar Altay bölgesinde devam ettirirler. Kurman-can Datka ile anlaşma yapmak zorunda kalan Ruslar, onun ömrünün sonuna kadar ülkesinin başında kalmasına müsaade eder. 1876 ve 1885’te Rus baskısına karşı tekrar isyan eden Kırgız halkı, işgalcileri zor durumda bırakmakla birlikte isyanlar Rusya tarafından kanlı bir şekilde bastırılır. Buna rağmen isyanların ardı arkası kesilmez. Kırgızlar 1898 Andican İsyanında Rus ordularına ağır kayıplar verdirse de isyan, işgalciler tarafından şiddetle bastırılır. İsyan sonrasında idam edilen birçok Kırgızın yanı sıra işgale direnen yaklaşık 200 kişi de Sibirya’ya sürgün gönderilir (Malabayev, 1999: 104-108) (Dıykanbayeva, 2004:8-9).
Çarlık Rusya, Kırgızistan topraklarını kendi malları için bir pazar, üretim sahaları için bedelsiz hammadde kaynağı, doğal zenginliklerinden faydalanma alanı, vergi ve ucuz işgücü olarak görmektedir. Tarım ve hayvancılığa uygun bölgelere Rusya içlerinden göç ettirdiği vatandaşlarını yerleştirerek Kırgız topraklarında Rus köyleri ve kasabaları oluşturan Ruslar, ağır vergiler ve keyfi uygulamalarla halkı sömürürler. Bu sömürü düzenine itiraz edenleri ise ölüm veya sürgün cezaları gibi ağır cezalarla cezalandırırlar (Özgen, 2014: 18).
1916’ya gelindiğinde Rusların Birinci Dünya Savaşı için kendilerine destek amacıyla çıkardığı zorunlu askerlik uygulaması, tarım reformu uygulaması ve diğer sömürge planları Kırgızların tekrar topyekûn ayaklanmasına sebep olur. Kısa sürede milli bir karaktere bürünen ayaklanmalar Kırgız beyleri arasında iyi bir teşkilatlanmanın olmaması,