Стилихон управлял Гонорием так же, как Руфин управлял Аркадием. Честолюбивое соперничество, которое мучило этих двух опекунов империи, побудило Руфина спровоцировать восстание среди укрывшихся готов против имперского господства.
После распада готской нации остготы избрали своих вождей из дома Амалов, к которому принадлежал их последний король Германарих. Со своей стороны, вестготы примкнули к знаменитому роду Балтов, происходившему от почти легендарного воина по имени Балта, что на их языке означало «Смелость». В 395 году потомок этого древнего рода, Аларих, был провозглашен королем как раз в тот момент, когда министр Аркадия перестал выплачивать варварам их ежегодное жалование, будучи уверенным, что это окончательно их разозлит. Действительно, вестготы немедленно восстали и под предводительством своего нового короля опустошили Фракию, Македонию, Фессалию и Иллирию. Стилихон выступил, чтобы положить конец этим опустошениям, предварительно обезопасив свои тылы договором с франками; но трудности, созданные Руфином, замедлили его продвижение, и Аларих уже разграбил Пелопоннес, когда Стилихон наконец догнал его. Он загнал вестготов на гору Фолоя в Аркадии, но они смогли ускользнуть через пролив Навпакт. Едва он собрался преследовать их, как получил из Константинополя приказ отступить. Аркадий, по совету евнуха Евтропия, заключил мир с варварами и предоставил Алариху военное управление Иллирией в 397 году.
Презрев эту второстепенную роль, вождь вестготов внезапно поднял свои племена, вторгся в Италию в 402 году и осадил Асти, где укрылся Гонорий. Стилихон пришел на выручку своему господину и полностью разгромил вестготов при Полленции на реке Танаро в 403 году. Вновь побежденный под Вероной осенью того же года, Аларих отступил в Иллирию. В начале 404 года, готовясь к новой экспедиции, он заключил с Гонорием тайный договор через посредничество Стилихона и, повернув назад, бросился в Эпир, чтобы соединиться с римской армией и атаковать Аркадия. Хотя выполнение плана было приостановлено, Аларих все же потребовал компенсации. Гонорий пообещал ему четыре тысячи фунтов золота и поспешил укрыться в Равенне, отказавшись от Милана, своей столицы, где годом ранее он едва не был захвачен варварами. Однако мир в империи длился недолго. Чтобы избежать гуннов и, кроме того, движимые надеждой на добычу, четыре союзных народа – свевы, бургунды, аланы и вандалы – двинулись к Рейну под предводительством Радагайса. Опередив основную массу своих соратников, двести тысяч из них устремились в Италию. Дойдя до Флоренции, они встретили неутомимого и всегда готового Стилихона, который окружил их, уничтожил при Фезулах и захватил их вождя, чья голова была отрублена. Узнав о смерти Радагайса и разгроме его армии, все оставшиеся орды повернули обратно в Западную Германию, чтобы обрушиться на Галлию. Рипуарские франки тщетно пытались защитить свои границы; они были разгромлены кавалерией аланов. 31 декабря