ja oli kuni 1889. aasta justiitsreformini tegev alammaakohtus ja vaeslastekohtus. Peale selle töötas ta mitmete kubermanguvalitsuse komisjonide ja institutsioonide liikmena.
Rüütelkonna peamehe alluvuses töötas rüütelkonna kantselei. Seal tegutsevad rüütelkonna sekretärid koostasid maapäevade protokolle (Landtagsdiarium) ja protokollisid rüütelkonna kirjavahetust, samuti rüütelkonna jooksvat asjaajamist.
Rüütelkonnakomiteesse kuulusid rüütelkonna peamees, kaksteist maanõunikku ja kaksteist kreisisaadikut. Komitee pidas istungeid maapäeva ajal või selle vaheaegadel, ta vaatas esialgselt läbi maapäeva nõukogule esitatud küsimused, oli vahekohtunik, määras inimesi ametikohtadele, mis olid vabanenud maapäevade vahelisel ajal, ning võis kokku kutsuda ka erakorralisi maapäevi. Kreisisaadikud (igast maakonnast kolm) valiti neljas maakonnas kas maapäeval või erakorralisel kreisipäeval. Nad jäid ametisse oma elu lõpuni. Peale selle oli üks maanõunikest ametis konsistooriumi esimehena, üks Tallinna Rüütli- ja Toomkooli kuratooriumis ja üks ülemkirikueestseisjana ühes neljast maakonnast.
Maapäevade vaheaegadel alaliselt töötav maanõunike kolleegium oli rüütelkonna kõrgeim omavalitsusorgan, kuid ta toimis ka – kas (kindral)kuberneri või siis teda asendava, kõige pikema teenistusajaga maanõuniku eesistumisel – rüütelkonna kõrgeima kohtuna ja Eestimaa ülemmaakohtuna. Eestimaa rüütelkonna õigusemõistmise instantsid jäid küll Rootsi keskvalitsusest puutumata, kuid allusid Stockholmi õuekohtule kui kõrgeimale revisjonikohtule, mis toimis ühtlasi kui forum privilegiatum, toetudes Rootsi aadli õigustele. Kriminaalasjade puhul oli ülemmaakohus pädev esimese instantsina menetlema igat laadi ametikuritegusid, teise instantsina Haapsalu ja Narva magistraadilt ning meeskohtult laekunud edasikaebusi. Tsiiviilasjades kujutas ta endast esimest instantsi vaidlustes kiriku- ja kroonivara üle, rüütelkonna ja üksikute aadlike ning vaimulike vastu esitatud hagides, muuhulgas ka autoriõiguste küsimustes. Tsiviilasjades toimis ülemmaakohus teise instantsina alammaakohtu, meeskohtute (vt allpool) ja Haapsalu ning Narva magistraatide kohtuasjades, talupoegadele oli ülemmaakohus viimaseks instantsiks, aga seda alles vaidlusaluse juhtumi teatava rahalise väärtuse juures.
Alammaakohus, mis oli samuti loodud Rootsi ajal, menetles nõudeid aadlike vastu. Kohtu eesistuja oli rüütelkonna peamees, kaasistujad olid meeskohtunikud ja haagikohtunik. Edasikaebused saadeti ülemmaakohtule.
Juba keskajast tuntud meeskohtunikud püsisid Eestimaal kuni 1889. aasta justiitsreformini, ehkki aja jooksul muutusid nii meeskohtu pädevus, kogemus kui ka koosseis. See oli auamet, kohtunikud valiti rüütelkonna poolt kolmeks aastaks. Õigusteaduslik haridus ei olnud nõutav. Juriidilise kompetentsi puudust leevendati seeläbi, et eluks ajaks ametisse määratud sekretär oli asjatundja õigusküsimustes. Kriminaalasjades oli Tallinna meeskohus protsessikohus ja otsuse täidesaatja Harju maakonnas, tsiviilasjades jäid tema pädevusse kõigi ilmalikust seisusest Harjumaa elanike kohtuasjad, välja arvatud juhtumid, mida menetlesid talupoegade asutused.
Eestimaa piiskopkond. Toompeal resideeruva Eestimaa kirikupea ametikoht ei lähtunud mitte traditsioonist, vaid Erik XIV privileegist Harju-, Viru- ja Järvamaa aadlile aastast 1561. See nõudis, et aadelkond „mitte ainult ei pea kinni pühast evangeeliumi õpetusest, mida neile õpetatakse puhtast südamest, vaid [me – s.t kuningas] tahame ka, et meie ja Tallinna superintendent visiteeriks meie maa pastoraate ja kihelkondi, et mõned nende isiklike võimete pärast kohalt maha võetaks ja teised tublimad asemele pandaks, ja kui see on tarvilik, nimetaksid ja paneksid ametisse tublisid kirikuõpetajaid, pastoreid ja hingekarjaseid, saamatud ja kehvad aga võtaksid kohalt maha ja saadaksid minema”. Rootsi valitsusaja algul 1565. aastal pani Erik XIV Eestimaa piiskopiks toomkiriku luterliku pastori magister Peter Follingu (ladina k Petrus Nicolai Follingius). Ent too suri juba enne ametisse astumist. Seejärel nimetas kuningas ametisse magister Johannes Robertus von Gelderni, kes oli (hiljemalt) 1561. aastast peale olnud Tallinna linna superintendent. Ent sellega Rootsi poliitilised edusammud piiskopivõimu edendamisel ka piirdusid. Ajavahemikul 1561–1617 polnud Eestimaal seoses lakkamatult valitseva sõjaseisukorraga Rootsi, Moskva suurvürstiriigi ja Poola-Leedu vahel mahti mõelda kirikuelu korrastamisele. Rootsi valitsus arendas sel ajal küll mõningaid plaane ja tegevusi, ent konkreetsed abinõud sai tarvitusele võtta alles pärast Stolbovo rahulepingut (1617). 1627. aastal saatis Gustav II Adolf Västeråsi piiskopi Johannes Rudbeckiuse Eestimaa kirikuolusid inspekteerima. Viimane kohtles provintsi episkopaalse isevalitsejalikkusega, nagu Rootsis tavaks – ning seda täielikus kooskõlas kuninga kavatsustega – , kuid äratas sellega Eestimaa rüütelkonna ja Tallinna linna pahameele, sest Eestimaa kirikute visitatsioon Rootsi episkopaadi esindaja poolt tähendas Eestimaa seisuste silmis rüütelkonna ja linna patronaažiõiguse eiramist. Rudbeckiuse põhjustatud lahkhelide tõttu rüütelkonna ja riigivalitsuse vahel jäigi kirikukorra kehtestamine, piiskopkonna ja keskse kirikuvalitsusasutuse rajamine Eestimaale pikaks ajaks vaid kavatsuseks. Esialgu suutis Rudbeckius läbi suruda vaid niipalju, et kirikukümnis, mis eelnevatel aastatel oli voolanud rüütelkonna taskutesse, jõudis jälle kiriku ja tema asutuste kätte (kirikuvalitsus, pastorid, kirikud, koolid). Lisaks loodi kümnise toel terve rida kiriklikke ameteid Rootsi kirikukorra eeskujul (kirikuvanem, kirikuteener, – revidendid jt).
Rudbeckiuse reformide sihiks olnud institutsioonide asutamiseni jõuti alles 1638. aastal, mil kuningas määras ametisse Eestimaa piiskopi. Piiskopile allutati provintsiaalkonsistoorium. Viimase koosseisu kuulusid Toompea vaimulikud, toomkooli rektor ja teoloogiarektor ja erakorraliste liikmetena praostid. Kord aastas tulid Eestimaa pastorid Tallinna kokku nõupidamiseks. Keegi ei võinud pastoriks saada enne, kui tal oli selge Melanchthoni „Loci communes” ja eesti keel. Need eeskirjad nagu ka kõik muud kirikudistsipliini heaks tarvitusele võetud abinõud olid koostatud Västeråsi, niisiis Rudbeckiuse enda piiskopkonna kirikukorra (constitutiones ecclesiasticae) eeskujul ja juhatasid nii Rootsis kui ka Eestis sisse luterliku ortodoksia ajastu.
Aadel ja linn, kes õigustatult kahtlustasid episkopaalse võimustruktuuri sissetungi oma eelmistelt põlvedelt päritud patronaažiõigustesse, keeldusid esiotsa Rudbeckiuse nõudeid täitmast. Alternatiivina Rudbeckiuse episkopaalse reformi projektile tegi Eestimaa rüütelkond ettepaneku luua nn segakonsistoorium (consistorium mixtum), kuhu vaimulike kõrval kuulunuksid ka aadlike esindajad. Ent kuningas lükkas kõik sellekohased kaebused ja alternatiivsed ettepanekud tagasi. Pärast aastatepikkusi vaidlusi krooni ja rüütelkonna vahel kuulutas kuningas Eestimaa hertsogkonna 1641. aastal lõpuks omaette kirikuprovintsiks (ilma kodanikelinna Tallinnata), mis jäi Tallinnas resideeruva piiskopi järelevalve alla. Eestimaa piiskop oli rootslane – vastavalt Rootsi valitsemiskorra (kuningliku põhiseaduse) sättele aastast 1634, mille järgi kõrgemaid riigiameteid võisid pidada vaid rootslased – ja kuningas nimetas ta ametisse. Palka maksid piiskopile Rootsi riik ja Eestimaa rüütelkond enam-vähem võrdsetes osades. Eestimaa seisustel ei olnud lubatud sekkuda piiskopi kiriku- ja koolipoliitikasse. Lisaks sellele ei olnud Eestimaa aadlil enam kohtupidamisõigust vaimulike üle – viimased allutati konsistooriumi jurisdiktsioonile.
See poliitika, mille eesmärk oli Eestimaa aadli ja Tallinna kodanikkonna tagaplaanile surumine ja mis tegi Eestimaa kirikust Rootsi riigikiriku-poliitika sissetungivärava, kestis kuni kuningas Karl XI (1672–1697) valitsusajani ja saavutas oma kõrgpunkti Rootsi kirikuseaduses aastast 1686, mis viidi Eesti kirikutes sisse järk-järgult pärast seaduse saksakeelse tõlke valmimist 1689. aastal. Muudatustes, mis olid vajalikud seaduse kohandamiseks Eestimaa oludega ja mille üle kuningas, Eestimaa aadel ja vaimulikkond ägedalt vaidlesid, ei suudetud üksmeelt saavutada kuni Põhjasõja puhkemiseni (1700). Kui kuningas ja vaimulikud nõudsid endale lihtsalt rohkem võimu, siis Eestimaa aadel ja Tallinna linn kaitsesid oma traditsioonilisi eesõigusi.
Nende küsimuste kõrval, mis puudutasid piiskopiinstitutsiooni ja konsistooriumi, ei tahtnud Rootsi valitsus pikapeale enam leppida ka „püha evangeeliumi õpetuse”, Augsburgi usutunnistuse kasutamisega ühenduslülina Rootsi luterliku kiriku ning Eestimaa provintsiaalkiriku ja Tallinna kiriku vahel. 1667. aastal ilmus „religiooniplakat”, millega kuulutati ka Läänemere provintsides kohustuslikuks otsused, mis langetati nn usutunnistuseriigipäeval Uppsalas 1593. aastal Rootsi riigikiriku ametliku ülemineku kohta luterlusele ja mis kinnitasid veel kord, et välismaalastel, kes peatusid riigis, niisiis ka provintsides, ei olnud usuvabadust, nende lapsed tuli ühegi