rynku janowskim w pobliżu drogi, wiodącej do Ohowa, stała szopa Grzegorza Hołowejczyka, służąca za rzeźnię i jatkę. Wprowadzono tam Bobolę, rzucono go na stół rzeźnicki i uwiwszy wieniec z młodych gałęzi dębowych ściskano mu głowę. Następnie, wzywając go do porzucenia wiary katolickiej przypiekali mu ciało ogniem. Stałość Andrzeja doprowadzała ich do coraz większego okrucieństwa. «Temi rękami Mszę odprawiasz, my cię lepiej urządzimy» mieli wołać do niego i wbijali mu drzazgi za paznokcie. «Temi rękami przewracasz kartki ksiąg w kościele, my ci skórę odwrócimy, ubierasz się w ornat, my cię lepiej ozdobimy, masz za małą tonsurę na głowie, my ci wytniemy większą», wołali podobno w dalszym ciągu, zdzierając nożami skórę z rąk, piersi i głowy, odcinając wskazujący palec lewej ręki, końce obydwu pierwszych palców i wycinając skórę z dłoni.
Łaska, jakiej Bóg udziela swym wybranym męczennikom, krzepiła Bobolę i dodawała mu wprost nadludzkich sił fizycznych i moralnych, dzięki czemu, poddając się woli Boga, wśród jęków wzywał świętych imion Króla i Królowej Męczenników, Jezusa i Marii, a w odpowiedzi na szyderstwa i bluźnierstwa swych katów, wzywał ich do opamiętania. Ci prowadzili swe ohydne dzieło w dalszym ciągu. Wykłuli mu prawe oko, przewrócili go na drugą stronę, zdzierali mu skórę z pleców i świeże rany posypywali plewami z orkiszu, odcięli mu nos i wargi, przez otwór wycięty w karku, wydobyli język i odcięli u nasady, wreszcie powiesili go u sufitu za nogi, głową na dół i naśmiewali się z ciała rzucającego się w konwulsjach i skurczach nerwowych: «Patrzcie, jak Lach tańczy!».
Dwugodzinne katusze dobiegały już końca, odcięty ze sznura, padł Bobola na ziemię i odziany w najcenniejszy ornat, bo utworzony z purpury krwi własnej, wznosił swe okaleczałe ręce ku niebu, składając u tronu Boga ofiarę z życia i krwi własnej. Tak kończył swą pielgrzymkę ziemską apostoł miłości i jedności, który prawie całe swe życie oddal na służbę Bogu i dobru dusz, i nie zawahał się nawet przed złożeniem ofiary z swego życia, tego dowodu najwyższego stopnia miłości Boga i bliźniego. Dwukrotne cięcie szablą w szyję, było ukoronowaniem tragedji janowskiej, której ofiarą padł dnia 16 maja 1657 r. Andrzej Bobola”.
Największe wystąpienie Kozaków w XVII stuleciu na Ukrainie, wymierzone przeciwko Rzeczypospolitej, określane przez historyków ukraińskich jako „wyzwoleńcza wojna ukraińskiego narodu przeciwko polsko-szlacheckiemu panowaniu”. Bezpośrednią przyczyną jego wybuchu w 1648 roku było zaniechanie przez Rzeczpospolitą wyprawy przeciwko chanatowi krymskiemu, lennikowi Turcji, która to wyprawa raz na zawsze miała odsunąć niebezpieczeństwo najazdów tatarskich niszczących wschodnie kresy państwa. Mieli w niej wziąć udział Kozacy, którzy liczyli, że dodatkowy rejestr (zaciąg) przyczyni się do poprawy ich sytuacji materialnej. Za wyprawą opowiadał się król Władysław IV, lecz jego przygotowania wojenne wywołały szybką kontrofensywę kresowych magnatów i oburzenie szlachty, która panicznie bała się wszelkiej wojny, a tym bardziej wojny z Turkami. Na sejmie jesienią 1646 roku zmuszono Władysława IV do wyrzeczenia się planów wojennych i odwołania zaciągów oraz zredukowania gwardii królewskiej.
Kozacy poczuli się oszukani. Ich zawiedzione nadzieje były zresztą tylko ostatnim z wielu innych narosłych na Ukrainie konfliktów. Składały się na nie: różnice językowe pomiędzy polskimi (lub spolonizowanymi) właścicielami dóbr ziemskich a ukraińską ludnością chłopską, upośledzenie prawosławia wobec katolicyzmu i unii, czy konflikt między aspiracjami Kozaków a dążeniem magnaterii kresowej do poddania kozaczyzny systemowi pańszczyźnianemu. Narastało wśród nich napięcie, wykorzystane przez utalentowanego i charyzmatycznego Bohdana Chmielnickiego, podstarościego czehryńskiego, skrzywdzonego dodatkowo przez Daniela Czaplińskiego, który zabrał mu przemocą hutor Subotów i uwiódł żonę. Nie mogąc znaleźć sprawiedliwości u króla, Chmielnicki udał się na Sicz. Zawarł nieoczekiwany sojusz z Tatarami i wywołał antypolskie powstanie, które zyskało poparcie kozaków rejestrowych, bitnych i dzielnych żołnierzy.
W pierwszym etapie powstania (styczeń-październik) 1648 roku Kozacy sprzymierzeni z Tatarami pokonali wojska koronne nad Żółtymi Wodami (dopływ Dniepru), pod Korsuniem i pod Pilawcami, dochodząc do Lwowa i Zamościa. Ich zwycięstwa spowodowały wybuch powstania chłopskiego na całej Ukrainie. Pożar rewolucji ogarniał praktycznie cały jej obszar aż po San i Prypeć. Zamęt i panikę, które ogarnęły Ukrainę, spotęgował nagły zgon Władysława IV w maju 1648 roku. Szybko zebrany sejm elekcyjny obrał królem Jana Kazimierza Wazę, przyrodniego brata zmarłego monarchy. Państwu zaczęła grozić katastrofa, bo Chmielnicki groził pochodem w głąb Rzeczypospolitej. W okresie elekcji o wpływy walczyły dwie grupy polityków. Jedni pragnęli uśmierzyć powstanie poprzez rokowania z Chmielnickim i ustępstwa wobec Kozaków (na ich czele stał kanclerz Jerzy Ossoliński); drudzy, którym przewodził wojewoda bracławski Adam Kisiel, opowiadali się za utopieniem buntu we krwi. Sam Chmielnicki był wówczas skłonny do kompromisu i stawiał umiarkowane żądania, ale powstanie całkowicie wymknęło mu się spod kontroli, zataczając coraz szersze kręgi. Usiłował je powstrzymać Jeremi Wiśniowiecki, który ze swoimi żołnierzami dokonał rajdu na ogarnięte rebelią tereny tępiąc – jak napisał jeden z historyków – „hultajstwo bez żadnej litości”. Naciskany przez Maksyma Krzywonosa musiał się jednak wycofać.
Rzeczpospolita ostatecznie zdecydowała się na wystawienie znacznych sił, ale dowództwo nad nimi powierzono nie Wiśniowieckiemu, który o to zabiegał, ale trzem regimentarzom: Dominikowi Zasławskiemu, Mikołajowi Ostrorogowi i Aleksandrowi Koniecpolskiemu. Trójkę tę Chmielnicki pogardliwie nazywał „pierzyną, łaciną i dzieciną”. (Dwaj pierwsi byli zwolennikami ugodowej linii kanclerza Ossolińskiego). W drugim etapie powstania (1649–1651) Rzeczpospolita wznowiła działania na wielką skalę. Oblężenie Zbaraża przez powstańców, odsiecz prowadzona przez Jana Kazimierza i rokowania z Chmielnickim pod Zborowem, następnie zwycięska dla Polaków bitwa pod Beresteczkiem (28–30 czerwca 1651) doprowadziły do zawarcia z Chmielnickim dwu nietrwałych wszakże umów. Na ich mocy król uznał tytuł hetmański Chmielnickiego i rozszerzył rejestr kozaków do 40 tys. Szlachta mogła wrócić do majątków, a chan tatarski otrzymał znaczący okup i daninę. Ukrainę musieli tez opuścić Żydzi i jezuici, a prawosławny metropolita miał zasiąść w senacie. Obie strony szykowały się jednak do kolejnego ostatecznego starcia. Chmielnicki zebrał siły i pod Białą Cerkwią nie dał się rozbić. Musiał jednak przyjąć znacznie gorsze warunki pokoju. Nowe porozumienie traktował oczywiście wyłącznie taktycznie dla zyskania na czasie. Gdy wojska polskie usiłowały zatrzymać jego pochód na Mołdawię, rozgromił je w krwawej bitwie pod Batohem, mordując następnie wszystkich wziętych do niewoli jeńców. Próba ponownej interwencji na Ukrainie podjęta przez Jana Kazimierza nie przyniosła efektu. Zawarto kolejny traktat z chanem, będący powtórzeniem ugody zborowskiej. Sytuacja Chmielnickiego nadal jednak nie była łatwa. Jego idea utworzenia niezależnego państwa ruskiego, obejmującego województwa wschodnio-południowej Rzeczypospolitej, nie miała szans na materializację. Mimo poparcia Kozaków, chłopstwa, kleru prawosławnego i części szlachty ruskiej był za słaby, by samodzielnie przy sprzeciwie Polski powołać do życia nowy byt państwowy. Tatarzy byli sojusznikiem niepewnym, rozgrywającym własne interesy. Chmielnicki, szukając wyjścia z impasu, zwrócił się ku prawosławnej Rosji z wezwaniem o pomoc i opiekę. Car zwlekał jednak z jej udzieleniem. Dopiero, gdy zebrane na tzw. czarnej radzie w Perejasławiu w 1654 roku ukraińskie chłopstwo i Kozacy – wysłuchawszy wywodu Chmielnickiego o konieczności poddania się jednemu z okolicznych władców – przez aklamację opowiedzieli się za nim, zgodził się na konkretne rokowania. Jego wysłannicy zgodzili się zawrzeć tzw. ugodę perejasławską, na mocy której Ukraina miała się połączyć z Rosją. W konsekwencji Rosjanie w kilka miesięcy po jej podpisaniu zaczęli wojnę z Polską. Powstanie Chmielnickiego się zakończyło, a sprawa ukraińska nabrała zupełnie innego wymiaru.
Kiedy