Thomas skulle være kommet så betids til Østen, at de vise mænd stadig levede, hvorfor han havde kunnet døbe dem.
I den mere verdslige historieskrivnings perspektiv var resultatet af St. Thomas’ og andres indsats, at der meget tidligt var kristne i Indien. Således beretter den i middelalderen så kendte indiensfarer Kosmas Indicopleustes i værket Topographia Christiana–Den kristne topografi (skrevet 535-547) om kristne på Malabarkysten og på Ceylon. Og Marco Polo (1254-1324) berettede fra sin reelle eller fiktive hjemtur fra Kina, at der var kristne i Malabarien (på Coromandelkysten), samt at dette land var det rigeste i verden, ligesom dets øverste konge på grund af afgifter på perler var ufattelig rig. Såvel kristne som saracenere valfartede til et forholdsvis øde sted i dette rige, hvor St. Thomas’ kirke og grav lå, og her hædrede de hans martyrium. Kirken og graven blev dog kun passet af kristne. Selve graven lå i gaviernes område, og da det var en af dem, der ved et vådeskud i sin tid havde dræbt St. Thomas, kunne de ikke komme ind til graven. Det hellige legeme havde en kraft, der holdt dem ude, om så 20 stærke mænd forsøgte at hjælpe dem ind. Dertil havde jorden omkring graven så megen kraft, at pilgrimmene tog denne jord, som var rød, med sig hjem. Hvis nogen blev syge, drak de vand med denne jord, og straks blev de raske igen.102 Ifølge Marco Polo var det også St. Thomas, der i sin tid missionerede i Abessinien, før han kom til Malabarien.103
St. Thomas’ kirke blev i 1348 eller 1349 besøgt af franciskaneren Giovanni dei Marignolli (før 1290-1357), der i 1338 blev sendt fra Avignon til Kina for at få storkhanen til at konvertere til katolicismen, og som i 1348 grundlagde den første katolske kirke i Quilon i Kerala i Indien. Han besøgte St. Thomas’ grav i Meliapur, hvor han opholdt sig i fire dage, og han kunne på den baggrund fastslå, at det var kristne og ikke saracenere, der havde magten over kirken. Giovanni kunne endvidere berette, at der var en helt speciel vingård ved St. Thomas’ tidligere opholdssted. Da St. Thomas i sin tid var kommet til Indien, havde han haft vin med til messerne, men den vin blev snart opbrugt. Så viste en engel St. Thomas vej til Paradis, hvorfra han fik nogle druer. Stenene såede han, og af dem kom der en meget fin vin, som Giovanni dei Marignolli selv smagte. Og beviset på, at denne vin måtte komme fra Paradis, var, at Paradis var det eneste sted i nærheden, hvor der voksede vin med druer. Ellers fandtes der i det indiske område godt nok vinstokke, men de bar ikke druer.104 Giovanni kunne også berette, at der var to kirker ved St. Thomas’ grav, den Thomas selv havde bygget og en, som han havde fået håndværkere til at bygge mod betaling i form af en stor sten, som Giovanni også så på sin tur. Endelig ligger der også her en stor træstamme fra Adams Bjerg på Ceylon. St. Thomas fik træet fældet, og af savsmuldet voksede der nye træer. Træet blev fældet af to slaver og trukket ned til havet i det reb, St. Thomas brugte som bælte. Så gav han træet ordre til at flyde til Mirapolis, og det gjorde det. Kongen her forsøgte med hele sin hær at trække stammen op, men selv 10.000 mand kunne ikke klare dette. Så kom St. Thomas ridende på et æsel i en hvid kjortel og en kappe af påfuglefjer og blev mødt af to slaver og to løver. Han sagde, at træet var hans, løsnede sit reb og bad de to slaver om at trække stammen op på land. Det gjorde de med største lethed, og derefter konverterede den indiske konge til kristendommen, og St. Thomas fik så meget land, han kunne ride omkring på sit æsel. Herefter byggede St. Thomas kirken om dagen, og om natten trak han sig tilbage til et sted med mange påfugle. Det var her, han blev skudt i siden med en pil og fik et sår, som var præcist mage til det sår, Jesus havde fået på korset, og som St. Thomas havde rørt ved med sin hånd. St. Thomas bad hele natten, men om morgenen døde han af blodtab. Hans legeme og det blodige sand under ham blev begravet sammen. Og nu er det ifølge Giovanni dei Marignolli sådan, at når man fjerner jorden, som jo virker mod sygdomme hos alle, ikke bare de kristne, men også hedningerne og tartarerne, så fyldes hullerne mirakuløst op igen i løbet af natten. Ud over denne version af miraklerne ved St. Thomas’ kirke, som byggede på selvsyn og samtaler med de lokale folk, kunne Giovanni også berette, at der ved St. Thomas-området var et meget fint perlefiskeri.105
Efter sit ophold i Indien rejste Giovanni dei Marignolli videre til et kongerige, som formentlig har været Java, men som han identificerede som det bibelske Saba. På vej hjem blev han spærret inde på Sri Lanka, og her mistede han alle sine gaver. Han kom dog tilbage til Avignon i 1353 efter blandt andet at have besøgt Jerusalem på vejen.
I 1507 sendte portugiserne en ekspedition til Coromandelkysten for at finde St. Thomas’ grav, og i 1517 eller 1522 lykkedes det ifølge portugiserne at finde den i byen Maliapur (Mylapore, nu en forstad til Madras). Derfor kom stedet fra 1545 til at hedde Sao Thomé. Ifølge indberetningen blev St. Thomas’ knogler fundet ved siden af knoglerne fra den kong Gondophares, som St. Thomas havde omvendt til Kristendommen. På trods af at St. Thomas’ knogler ifølge nogle beretninger allerede var overflyttet til Edessa, tog portugiserne knoglerne og overførte dem til Goa, hvor de stadig skulle befinde sig i St. Thomas-kirken.106 Af et brev, som den tyske sømand Karsten Smeding i 1548 sendte hjem til sin familie, fremgår det også, at St. Thomas havde prædiket og var blevet dræbt i »kongeriget Malebaren«. Og ifølge Smeding skulle det hus af træ, St. Thomas byggede der, »efter hvad der siges«, stadig stå der.107
I begyndelsen af det 12. århundrede skulle man i Vesten høre nyt om St. Thomas. Ifølge en anonym kilde108 var en indisk patriark eller ærkebiskop ved navn Johannes af Indien i det 4. år af pave Calixtus II’s regeringstid (pave 1119-1124), det vil sige engang i 1122, måske endog den 5. maj,109 kommet til Rom sammen med pavelige legater fra Konstantinopel. I Rom skulle han hente et pallium og andre til sit embede svarende værdighedstegn, hvad der på den ene side lyder yderst usandsynligt, fordi Irak ville have været det rette sted for dette, og Rom intet havde med det at gøre, men som på den anden side måske kunne være en realitet, hvis denne patriark søgte allierede mod kirken i Byzans. Denne patriark havde fortalt, at han herskede over en by ved navn Hulna, som var hovedstaden i Indien. Den var fire dagsrejser i omkreds, og dens mur var så tyk, at to romerske stridsvogne kunne køre ved siden af hinanden på den. Floden Pishon, der jo havde sit udspring i Paradis, løb gennem byen, og den var fyldt med guld og ædelsten. I Hulna boede der kun kristne, og uden for byen lå et bjerg med St. Thomas’ kirke på toppen. Bjerget lå i en sø, og der var tolv klostre, et for hver af de tolv apostle, og her var der messer hver dag. St. Thomas’ kirke kunne man kun komme til en uge før dagen for fejringen af St. Thomas, for da åbnede vandet sig. St. Thomas lå i en stor sølvsarkofag, der var hængt op under loftet. På hans helgendag tog hans hånd imod ofre, og var der kættere til stede, døde de straks. Det var den hånd, som havde rørt ved Jesu sår, som var levende og skabte mirakler på hans helgendag.110
At der har været en besøgende fra Østen hos pave Calixtus II synes at være en historisk realitet, for abbed Odo af Reims (abbed i St. Remy 1118-1151), som skulle være et meget troværdigt vidne, beretter, at han var til stede ved pavens hof, da ærkebiskoppen af Indien var på besøg. Denne ærkebiskop var ifølge Odo af Reims taget til Konstantinopel for at søge råd, da hans fyrste var død, og to gange havde kejseren her udpeget en person, der skulle følge ham hjem, men hver gang var den pågældende person død. Kejseren havde derefter nægtet at udpege en tredje, hvorfor ærkebiskoppen havde anmodet nogle pavelige legater om at føre sig til Rom. Odo af Reims fik også at vide, at hvert år på St. Thomas’ dag, åbnede St. Thomas sin hånd og tog imod ofringer fra de troende, men kom der en kætter og ville ofre, forblev hånden lukket. I denne beretning nævnes også, at Johannes er ærkebiskop af Indien, og at der gennem hans by løber en flod ved navn Pishon, som er fyldt med guld og ædelsten.111
Også den legendariske og fiktive sir John Mandeville besøgte på sin fiktive rejse mellem 1322 og 1356 St. Thomas’ grav i landet Mabarn og byen Calamye, som var den by, St. Thomas led martyrdøden i. Thomas blev ifølge Mandeville bragt til Edessa af mænd fra Assyrien, men blev senere bragt tilbage igen. Mandeville gav også hånden yderligere en funktion. I tvister skrev hver part sin mening ned, og skrivelserne blev lagt i St. Thomas’ hånd, hvorefter den falske blev smidt, mens kun den sande blev tilbage.112 Men Mandeville kunne også berette, at den kirke, St. Thomas befandt sig i, var fyldt med afgudsbilleder, hvoraf især et var meget stort og overlæsset med guld og perler. Denne afgud besøgte inderne på pilgrimsrejser med samme iver, som de kristne lagde