київський генерал-губернатор Михайло Лєонтьєв пропонував докорінно зреформувати самоврядування Запорожжя. Зокрема, передбачалось скасувати виборність кошового отамана на загальнокозацькій раді, натомість призначати його царським указом за поданням штабс-офіцера Новосіченського ретраншементу. Кошового писаря та курінних отаманів теж належало призначати. Крім того, слід було переписати запорожців і слідкувати за їхніми переміщеннями. Словом, ідея остаточної ліквідації Січі набувала дедалі реальніших обрисів.
Ріку 1762-й, вересень. Щойно обраного кошового отамана Війська Низового Запорозького Петра Калнишевського запрошують на церемонію коронації імператриці Катерини Другої. Повернувшись на Січ, Калнишевський під тиском козаків-сіромах повертає булаву попередньому кошовому, Григорію Лантуху. Наступного року цей символ влади переходить до рук шанованого на Січі Пилипа Федорова, потім знову до Лантуха, який восени 1763 року відмовляється від булави на користь Петра Калнишевського. Наступного року сірома знову обирає вісімдесятилітнього Федорова. 1 січня 1765 року на січовій військовій раді Пилип Федорів дякує товариству за «панство» і йде на спочинок до Пустинно-Самарського монастиря. Кошовим знову обирають Петра Калнишевського, цього разу вже надовго.
Остаточно закріпивши за собою булаву, Калнишевський на головні посади в Запорожжі призначає тільки тих людей, які у кар’єрному зростанні та добробуті завдячують йому особисто. Більшість старшин нового кошового походять із Кущівського куреня, своєрідної кузні кадрів Нової Січі. До цього куреня приписаний навіть фаворит Катерини Другої Григорій Потьомкін. Діяльність у ролі кошового отамана Калнишевський починає з вирішення актуальних господарських проблем. Першою серед них було масове заселення запорозьких територій переселенцями з Гетьманщини та Слобожанщини. У цьому переселенні «гречкосіїв» запорожці вбачали загрозу для себе. Вони боялись, що «селянський плуг притягне за собою пана».
Поруч із козацькими зимівниками з’являються слободи та хутори селян-переселенців. Вони стрімко змінюють повсякденний побут Запорожжя. Частенько запорожці нищили новозасновані слободи та хутори, шмагали поселенців батогами і примушували їх повертати назад. Петро Калнишевський змінив ставлення Коша до нашестя «гречкосіїв». Головну увагу він зосередив не на боротьбі з переселенцями, а на встановленні контролю за стихійною селянською колонізацією.
«На загальній військовій раді в 1675 році Калнишевський скасував обмеження на заселення запорозьких займищ. Стихійним переселенцям дозволялося селитись на території від річки Орелі до Сіверського Дінця. Дуже скоро на цих землях виникає щільно заселена смуга» (Владислав Грабовський. «Петро Калнишевський»).
Поруч із сільським господарством на Запорожжі швидко розвивається торгівля. Вольності стрімко включаються до системи міжнародного торговельного обігу. Традиційними статтями експорту