esindajat, Oskar Rütli ja August Lubi, konstitutsiooniliste demokraatide ehk kadettide liberaalsesse fraktsiooni. Sama fraktsiooniga liitus ka Tõnissoniga tülis olnud, Eestimaalt valitud Karl Hellat, kes ei olnud siiski seotud Eduerakonna programmiga. Kadetid olid 478-liikmelise duuma juhtiv jõud. Hinnangud fraktsiooni suuruse kohta varieeruvad 130-st 178-ni – erinevus on tingitud sellest, et ebastabiilsetes erakondlikes oludes ei olnud paljud duuma liikmed valimiste ajal teatanud oma kuuluvust ning võisid istungjärgu ajal liikuda ühest fraktsioonist teise. Kadetid olid siiski selgelt suurim ja kogu duuma tegevust juhtinud fraktsioon. Suuruselt järgmisse fraktsiooni, üleriigiliseks erakonnaks organiseerunud kadettidest ebamäärasemasse ja erineva radikaalsusastmega vasakpoolseid koondanud trudovik’ide rühmitusse kuulus umbes sada liiget. Kuigi sotsiaaldemokraadid boikottisid valimisi erakonnana, olid nemadki väikse, alla 20-liikmelise fraktsioonina esindatud. Teises servas kuulus oktobristide fraktsiooni napilt kakskümmend saadikut. Poolakaid ja teisi rahvusvähemusi esindanud saadikuid oli umbes kuuskümmend ning sõltumatuid saadikuid sadakond.
Tõnisson kuulus ka kadettide keskkomiteesse, kuhu oli kaasatud teisigi vähemusrahvuste juhte.39 Tegelikult oli kadettide vabameelsus konservatiivsele Tõnissonile ilmselt natuke liig. Nimelt oli 1905. aasta oktoobris, st ainult natuke aega enne Eduerakonda asutatud kadettide partei kurss sel ajal väga radikaalne ning nad ei pidanud vasakul paiknevaid fraktsioone mingil juhul vaenlasteks. Sotsiaalsetelt vaadetelt olekski Tõnisson võinud olla kodus pigem 1905. aasta reformidega rahul olevate oktobristide fraktsioonis, kelle liidrist krahv Heydenist ta väga lugu pidas. Muude vähemusrahvuste esindajate kombel olid Tõnisson ja teised eestlastest saadikud ühtlasi kaasatud üle kuuekümneliikmelisse autonomistide-föderalistide koostööfraktsiooni, mille liikmetest umbes pooled olid poolakad. Muidu jagunesid autonomistid eri fraktsioonidesse; enamik neist tegutses kadettide fraktsioonis.
Duuma liikme staatus ja koostöö kadettide fraktsioonis andsid Tõnissonile võimaluse tegutseda eestlaste õiguste eestkõnelejana, kuigi ka kadetid ei toetanud kõiki eestlaste nõudmisi. Kadettide juhitud duuma sattus aga kohe alguses vastuollu kogu rahvaesindajate institutsiooni vaenulikult suhtunud õukonna ja valitsusega. Peaminister Sergei Witte oli kaotanud keisri usalduse ja oli sunnitud aprillis tagasi astuma. Tema lühiajaline järeltulija Ivan Goremõkin ja uue valitsuse tugisammas Pjotr Stolõpin soovisid algusest peale igas suhtes ebausaldusväärseks ja liiga radikaalseks peetud duuma kõrvale tõrjuda. Duuma võttis juba mais üsna üksmeelselt vastu selgesõnalise umbusaldusavalduse valitsusele, millel ei olnud siiski kohustust sellest välja teha.
Duumat vihanud valitsus kõhkles esialgu, mida rahvaesindusega ette võtta. Veel juulis pidasid valitsuse esindaja Trepov ja hiljem siseminister Stolõpin Miljukoviga läbirääkimisi, mida vähemalt kadettide liider ise tõsiselt võttis, võimaluse üle nimetada ametisse kadettide valitsus, millele kuuluks duuma usaldus, aga õukond ja vanameelsed jõudsid siiski teise otsuseni ja Nikolai II andis korralduse duuma laiali saata. Meetmete riigipöördelikust olemusest andsid tunnistust salajased ettevalmistused ning see, et hõivati duuma kogunemiskoht Tauria palee ja jäeti määramata seadusega ette nähtud uus valimispäev.
Saadikud reageerisid laialisaatmisele järsult. Juba laialisaatmise päeva õhtul, 9. juulil kogunes üle 180 eelkõige kadettide ja vasakpoolsete hulka kuulunud duumasaadiku Viiburisse Soomes, kuhu Vene politsei võimupädevus ei ulatunud. Kohalviibijad võtsid ägedaks kujunenud koosolekul vastu manifesti, mis mõistis laialisaatmise hukka. Selles olid kõik üksmeelsed, aga manifestis kutsuti üles ka kodanikuallumatusele ning nimetati otseselt eelkõige keeldumist maksude maksmisest ja ajateenimisest. Vasakpoolsete arvates ei olnud sel mingit tähtsust, sest maksud olid peamiselt kaudsed aktsiisid, seotud tubaka ja alkoholiga, mille ostmisest rahvas niikuinii ei loobuks; ja järgmine väkkekutsumine pidi toimuma alles oktoobris. Vasakpoolsed nõudsid ägedamat vastupanu, samal ajal kui enamik kadette pidas ka leebemat sõnakuulmatusele õhutamist mõttetuks. Kahtlejate hulka kuulus ka Jaan Tõnisson, kes isiklikele kogemustele rõhudes leidis, et „loobumine puhtalt konstitutsioonilisest võitlusest tähendaks põhiseaduslikkuse kokkuvarisemist Venemaal”.40
Poole ööni kestnud koosolekul hakkas aeg otsa saama, sest kuberner nõudis Belvedere hotellis peetud koosoleku lõpetamist. Lõpuks katkestati arutelu manifesti üksikasjade üle ja otsustati jääda algse teksti juurde. Kõik kohalviibinud duumasaadikud, ka Tõnisson, kirjutasid manifestile alla ning nädala möödudes liitus nendega umbes 230 duumasaadikut.
Allakirjutanute pettumuseks ei ärgitanud manifest rahvahulki ebaseaduslikele protestiavaldustele ning see passiivsus ei olnud tingitud ainult ametivõimude katsetest takistada manifesti levitamist. Poliitiliselt teadlikud inimesed ei kiitnud küll heaks duuma laialisaatmist, aga ulatuslikumaks vastupanuks ei olnud eeldusi juba selgi põhjusel, et erakonnad ei olnud midagi sellist ette valmistanud.
Valitsus andis korralduse esitada viivitamatult süüdistus kõigile, kes olid manifestile alla kirjutanud. See tähendas, et ei Tõnisson ega teised süüdistuse saanud ei võinud kandideerida teise duuma valimistel. Ehkki valitsus üritas sel moel otseselt eelistada parempoolseid fraktsioone, tähendasid järgmised valimised valitsusele siiski lüüasaamist, sest nüüd osalesid ka vasakerakonnad ja uus duuma kujunes eelmisest selgelt radikaalsemaks. Duumasse valiti ligi kakssada sotsiaaldemokraati ja esseeri. Ka parempoolsed ja paremtsentristid, oktobristid, saavutasid suuremat edu kui eelmisel korral ning mitmekordistasid oma esindatust. See tähendas kadettidele valimiskaotust: fraktsioon koosnes ainult 92 saadikust. Eesti alade esindatuses ilmnes sama trend: kadettide fraktsiooniga ühinenud eduerakondlased kaotasid kaks kohta sotsiaaldemokraatidele. Kuna Tõnisson ise ei saanud kandideerida, soovitas ta enda asemel Karl Partsi Tartust, kes ka valituks osutus, ning teiseks eesti saadikuks sai Postimehe toimetaja Anton Jürgenstein Liivimaalt.
Viiburi manifest lõi arvamuse lahku ka Tõnissoni erakonnas. Teine erakonna tartlasest saadik, Oskar Rütli, ei kirjutanud Viiburi manifestile alla, kuigi olevat mõningatel andmetel koosolekul käinud, aga lahkunud meelega enne allkirjastamist. Tõnisson pidas Rütli käitumist argpükslikkuseks ja meeste vahekord sai sel määral rikutud, et Rütli lahkus erakonnast ja sai hiljem tuntuks Tõnissoni vihamehena.41
Sergei Witte oli 1905. aastal Venemaa peaministriks saades viinud ellu reforme. Kui tema reformipoliitika saanuks jätkuda, teinuks see lõpu piiramatule isevalitsusele, aga ühtlasi oleks see võinud päästa tsaarivõimu. Nikolai II sundis Witte siiski juba järgmise aasta mais lahkuma. Pärast mõne kuu pikkust vaheperioodi määrati ametisse tagurlik Pjotr Stolõpin, kes asus karmi käega revolutsioonilisi püüdlusi maha suruma. Balti kubermangudes tähendas see ühtlasi tagasipöördumist venestamispoliitika juurde.
Valitsus leppis 1907. aasta märtsis kogunenud duumaga veelgi vähem kui esimesega ning see saadeti laiali juba juuni alguses. Enne kolmanda duuma valimisi muudeti valimiskorraldust põhjalikult, nii et linnade, tööliste ja talupoegade mõju piirati tublisti eelkõige suurmaaomanike kasuks. Eesti aladel oli seda kohe märgata, sest baltisakslased, kes olid ühinenud oktobristide fraktsiooniga, hoidsid kuni Eesti iseseisvumiseni enda käes kolme saadikukohta viiest. Hiljemalt pärast kolmanda duuma valimist matsid eestlased duumale rajatud lootused maha. Tõnissoni sõitu esimese duuma avakoosolekule aga oli tähistatud Tartus ja kõigis järgmistes jaamades kõnede, lillede ja tervituslauludega.
Kui Viiburi manifestile allakirjutanute kohtuasjad arenesid aeglaselt, siis haldusmeetmetega alustati kiiremini. Liivimaa kuberneri otsusega sunniti Tõnisson juba 1906. aasta oktoobris lahkuma Postimehe vastutava toimetaja kohalt. Kui talle esitatud süüdistus aasta lõpul kohtus arutamisele tuli, määrati talle nagu teistelegi allakirjutanutele lühike vanglakaristus. Oma kolmekuulise karistuse kandis Tõnisson 1908. aasta suvel Tartu vanglas.
Tema vanglas veedetud aeg ei olnud ei Venemaa paljude revolutsionääride ja teisitimõtlejate varasemate ega eelkõige hilisemate, Nõukogude-aegsete vanglakogemustega võrreldes kuigi raske. Temaga samal ajal kandsid Tartu vanglas karistust kaks duumasse kuulunud vene professorit, kes olid korraldanud endale muretu karistusekandmise. Tõnisson lahkus vanglast priskemana, kui oli olnud sinna minnes. Talle anti nimelt värskelt remonditud omaette kong, kus ta sisustas aega lugemise ja kirjutamisega.
Vanas