temsilcisi aydın Sadri Maksudov’un konuşması, kurultaya katılan temsilcilerin takdirini kazandı ve onları düşünmeye sevk etti.
Kurultay sonunda temsilciler, Rusya’nın demokratik federal bir yapıya sahip olması fikrini destekleyen ortak karar almalarına rağmen, Türkistan’ın kendi kendini yönetme hakkının özerklikle mi yoksa tam bağımsızlık yoluyla mı gerçekleştirileceğine karar veremediler. O günleri Mustafa Çokay, şöyle anlatıyordu:
“Devrim bize hürriyet ve millî hareket yolu açmış gibiydi. Uzun yıllar karanlıkta kalan kişinin bir anda aydınlığa çıktığında gözleri nasıl kamaşırsa yıllardan beri Rusya’nın sömürgeci siyasetinin baskısıyla ezilen bizlerin de devrimle gelen özgürlüğün ışığına kavuşunca gözlerimiz kamaştı ve doğru yolu bulmakta zorlandık. Bilincimizin karanlığı, gözümüzü daha da kamaştırdı ve çok hata yaptık. Çaresizliğimiz kimilerimizi Rus devrimci demokrasisinin peşinden gitmeye zorladı… Çoğunluğumuz, siyasî başarıya dualarla ulaşacağımıza inanıyordu… Tabii bu ikisi de yanlıştı.”
Kurultayın ardından 24 Nisan günü Türkistan Müslümanları Bölge Merkez Kurulu oluşturuldu. Bunu Türkistanlılar, Türkistan Millî Merkezi olarak adlandırdı. Merkez Yürütme Kuruluna her vilayetten temsilciler alındı. Bölge Millî Kurul Başkanları, Merkez Kurulunun üyesi kabul edildi; Mustafa da kurulun başkanlığına getirildi. Kurul aşağıdaki kişilerden oluşuyordu: Serali Lapin, Ubaydullah Hocayev, Şahislam Şahiahmetov, Taşbolatbek Narbotabekov, Serik-bay Akayev. İleri seviyede Rusça bilen Zeki Velidî de kurul sekreteri olarak atandı. Taşkent’te çıkan Uluğ Türkistan gazetesinin yayın yöenetmeni Kebir Bekir, Türk Eli gazetesinin yayın yönetmeni Azerbaycanlı Efendizade, avukat Abdirahman Orazayev, ziraat uzmanı Hidayet Bek Yurguliyev de bu kurulun içinde yer aldı. Millî Merkezin vilayetlerde şubeleri açıldı, şubeler kendi içlerinde organize olmaya başladılar. Fergana vilayetinde Nasırhan Töre, Semerkant vilayetinde Mahmud Hoca Behbudî, Zakaspi vilayetinde Oraz Sardar, Sırderya vilayetinde Şahislam Şahiahmetov ve Jetisuv/Yedisu vilayetinde Muhamedcan Tınışbayoğlu başkanlığında organize olup çalışmaya başladılar.
Türkistan’da siyasî durumun karışmaması, diğer halklar ile siyasî kurumlar arasında gerginlik çıkmaması için Mustafa Çokay, Taşkent’teki teşkilatlarla irtibatını koparmamaya özen gösterdi. İşçi ve Asker Milletvekilleri Kurulunun niyetini iyi bildiğinden Rus çiftçileri ve diğer teşkilat temsilcileriyle ilişkilerini sürdürmeye çalıştı. Mesela 30 Ağustos 1917’de Taşkent’te Rus İktisat Kurulu ile Kazaklar Kurulu ortak toplatısında Kazak ve Rus İktisat Temsilcilerinin Türkistan Bölge Yürütme Kurulu kurulmuştu. Toplam 12 kişiden oluşan bu kurula Kazaklar adına Mustafa Çokay, Turar Rıskulov, Almuhambet Kötibarov ile birlikte üç kişi daha katıldı. Semerkant’ta bulunmasına rağmen eşbaşkanlardan biri olarak seçilen Mustafa, Taşkent’e geldikten sonra arkadaşlarıyla istişarede bulunarak görevi kabul etti. Yeni kurulan kurulda Çokay başkanlığında Türkistan’ın yerli halkı ve göçmenler arasındaki toprak meseleleri tartışıldı. Kurulun Müslüman üyeleri, göçmenlerden yerli halka karşı silahlı saldırılarını durdurmalarını talep etti. Kurul, oturumlarında Rusya’dan yeni göçmenlerin gelişini engellemenin yollarını ararken Kazaklarca yapılan teklifler, diğer üyeler tarafından ciddi destek görmediği için Mustafa’nın görevi bırakmasıyla kurul dağıldı.
O dönemde bağımsızlık mücadelesi yolunda Türkistan Müslümanları görüş olarak birbirine zıt iki cemiyet kurmuşlardı. Birincisi Akmescitli avukat Serali Lapin’in yönetiminde muhafazakâr Ulemâ Cemiyeti idi. İkinci cemiyet olan ilerici Şûrâ-yı İslâm cemiyetinin başında da kaderin garip bir cilvesi olarak yine Akmescitli bir hukukçu olan Mustafa Çokay vardı. Petersburg’da okurken Mustafa’nın fikren olgunlaşıp gelişmesinde Serali Lapin’in de etkisi olmuştu fakat Türkistan’ın bağımsızlığı yolundaki siyasî mücadelede yolları ayrılan bu iki dost, gün geçtikçe birbirinden daha da uzaklaşır oldular.
Şûrâ-yı İslâm cemiyeti 12 Mart 1917 yılında kurulmuştu. Kurucuları arasında Türkistan Ceditçilik hareketi gönüllüsü Münnevver Karî Abduraşidhanov, Mahmud Hoca Behbudî, Abdurrauf Fıtrat, Abdulvahid Efendi, Adbullah Avlani, Taşbolatbek Narbotabekov, Ubaydullah Hocayev gibi aydınlar bulunmaktaydı. Cemiyetin kuruluş amaçları Türkistan Müslümanlarının siyasî, ilmî ve içtimai açıdan günün şartlarına uygun gelişmesini sağlayacak reformlar yapmak, Türkistan’ın bütünlüğünü korumak ve bu uğurda kurulan cemiyetleri tek çatı altında birleştirmekti. Amaçlar arasına büyük bir siyasî güç olarak siyasî iktidarı belirlemede halkın daha fazla katılımını sağlamak, gelecekte kurulacak bağımsız devletin istikametini belirlemek de yer aldı. Mustafa, Taşkent’e gelir gelmez cemiyete üye oldu. 22 Haziran 1917’da Şûrâ-yı İslâm Cemiyeti Merkez Kurulu toplandı ve yapılan gizli oylama sonucu Mustafa oy birliği ile başkan seçildi. Başkan yardımcıları ise Münnevver Karî Abduraşidhanov ve Taşbolatbek Narbotabekov oldu.
Kısa bir süre sonra Taşkent’te Serali Lapin başkanlığında Ulemâ Cemiyeti de toplandı Şûrâ-yı İslâm’a karşı faaliyetler yürütmeye başladı. Esas olarak bünyesine Türkistan bölgesindeki din adamlarını, kadıları ve aksakalları toplayan bu cemiyet, kısa zaman içerisinde büyük bir siyasî güce dönüştü. Taşkent, Fergana, Semerkant, Buhara gibi önemli şehirlerde söz sahibi olan din adamları -cemiyetin programını benimseyerek- gençlerden ve yenilikçilerden oluşan Şûrâ-yı İslâm cemiyeti hakkında olumsuz propaganda yapmaya başladılar.
Bir Hukukçu olarak “İki kadının olduğu yerde mesele dörde çıkar.” atasözünü çok iyi bilen Mustafa Çokay’ın iki cemiyeti uzlaştırmak için yaptığı çabalar sonuçsuz kaldı. İki büyük topluluk arasındaki fikir ayrılığı özellikle Taşkent şehir meclisi seçimleri sırasında daha da derinleşti.
1917 yılının Temmuz ayında Taşkent’te şehir meclisi seçimleri yapıldı. Ağustos başında sonuçları açıklanan bu seçimde yerli halka baskı uygulayarak muhalifleri bastıran Kadimciler,13 şehir meclisinde üstünlüğü ele geçirdi. Ancak Ulemâ Cemiyeti tarafından belediye başkanlığına teklif edilen kişi monarşist Markov’du. Şehrin yönetimini Müslüman gençlerden birine vermek istemeyen Ulemâ Cemiyeti 1916 yılında devrim sırasında Müslümanlara zulmeden eli kanlı bir katile Taşkent şehrinin anahtarını teslim etti.
Seçimler sırasında Mustafa, Taşkent’te değildi. Temmuz ayının sonlarına doğru henüz seçim sonuçları ilan edilmeden Petersburg ve Moskova şehirlerine giderek Bölge Yürütme Komitelerinin toplantılarına katıldı. Petersburg’da Geçici Hükûmetin yöneticileriyle, özellikle de Hükûmet Başkanı Kerenski’yle görüştü ve çeşitli anlaşmalar yaptı. Sohbet sırasında eski bir tanışı olan Geçici Hükûmetin başkanına Türkistan’ın umumi durumu hakkında bilgi verdi. Dostluğunu kullanarak Türkistan’ın yetkili kurumlarının onayı alınmadan Türkistan ile ilgili herhangi bir reform kararı verilmemesi yönünde Kerenski’den söz aldı. Görüşme sırasında Türkistan’ın önemini vurgulayarak Petersburg’da Türkistan Meseleleri Özel Komiserliği kurulması gerektiğini gündeme getiren Kerenski, bu iş için Mustafa’nın başkentte kalmasını istiyordu. Memleketinde daha yararlı olacağını düşündüğünden Geçici Hükûmet başkanının teklif ettiği vazifeyi reddetti, arkadaşına teşekkürlerini sunup Türkistan’a döndü.
Taşkent’e geldikten sonra seçimler sırasında vuku bulan olaylardan haberdar olunca Ulemâ Cemiyeti yöneticileriyle görüşüp meseleleri açık şekile konuşmaya karar verdi. Yanına Ubaydullah Hocayev’i alarak Kadimcilerle görüşmeye gitti. Şeyhantahur Camisi’nin bahçesinde gerçekleşen görüşmede Kadimciler, Şûrâ-yı İslâm örgütü hakkında asılsız