trajediyi Kazak gazetesinde şöyle dile getirmişti: “Halk çaresiz ve endişeli. Gece uykusu yok, gündüz huzur yok. Sanki bugün yarın infaz edilecek ölüm cezasını bekleyen esirler gibiler…”
Alaş’ın12 önderi Alihan Bökeyhanov da bu günleri şöyle tasvir etmektedir: “Tanrı Dağı’ndan Tobıl’a, Astrahan’dan Altay’a ocağına ateş düşen Alaş evladı harekete geçti. Erkekler uyku nedir bilmeden gece günüz şehirlere ve kırlara sefere çıktılar…”
Alaş evladı “Cephe gerisinde işçi olarak boşu boşuna ölmektense canı vatana feda etmek yeğdir.” diyerek atlarını hazırladır. Kollarını çemreyen yiğitler ata bindiler. Kenesarı Han döneminden kalma gürzleri bellerine bağlayan orta yaş üstü erkekler “Ey atalar ruhu, bizi koru ve kolla!” deyip gençlerin önüne düştüler. Türkistan’ın her yerinden “Gençler öleceğine biz ölelim! Çocuklarımızı silahsız olarak diri diri ecelin kucağına göndermektense burada kendi toprağımızda, kendi yurdumuzda şehit oluruz!” naraları yükselmeye başladı. Altay, Atırav, Torğay, Semerkant, Arka, Andican, Yedisu ve Cizzak arasında yaşayan herkes silahlandı. Rus sömürgesi olalı beri Türkistan halkı ilk kez birlik içinde hareket ediyordu. Kazak, Kırgız, Özbek, Türkmen, Karakalpak tek yürek oldu.
Ayaklananan halka hükûmetin tepkisi çok sert oldu. Çarlık zulmü, kuzey cephesi komutanı General Kuropatkin’in 21 Temmuz’da Türkistan bölgesine vali atandıktan sonra daha da arttı. Semerkant, Hocent ve Cizzak şehirlerinde kanlı çarpışmalar vuku buldu. Fergana Valisi Albay İvanov isyanı bastırmak amacıyla 3 Ağustos’ta tepeden tırnağa silahlanmış birliklerile sivil halka saldırdı, binlerce masum insanı katletti. Bundan çok memnun olan General Kuropatkin, vali Follbaum’a yolladığı telgrafta, Jetisu’daki Kazak ve Kırgız unsurunu yok etmek için gönderilen kuvvetleri “Çernyayev, Romanovski, Kaufman, Skobelev, Sırderya, Semerkant ve Fergana vilayetlerini çok az bir kuvvetle işgal ettiler.” diye övüyordu.
Kuropatkim bir taraftan yerli halkı zapturapt altına almak için her türlü insanlık dışı yöntemi uygularken diğer taraftan da nüfuzlu kişileri kullanarak durumunu sağlamlaştırmaya çalışıyordu. General Abdulaziz Devletşin’i vazifeye yanına getirten Kuropatkin, genç olmasına rağmen toplumca sevilip sayılan Mustafa Çokay’a da çağrıda bulundu fakat Mustafa bu eli kanlı katilin yanında olmayı asla kabul etmedi.
14 Haziran 1910’da Taşkent’teki Sırderya Valiliğinden Mustafa’ya,“Askerlik kanununun 42. maddesi uyarınca askere çağırılmayacağı” yazılı 250806 numarlı özel bir evrak gönderildi. Belgede ayrıca yükseköğretim kurumunda eğitim aldığı yazmaktaydı. Dolayısıyla kendisi için bir tehlike söz konusu değildi. Mustafa’yı çaresiz halkın içine düştüğü durum endişelendiriyordu. Cephe gerisindeki işler için askere alınan silahsız Türkistanlılar, açık hedef değil miydi? Buna karşı gelip cepheye gitmezlerse Çar’ın emrini karşı geldikleri için yine öleceklerdi. Ne yapılmalıydı? Bu konu üzerinde çok kafa yoran Mustafa, Kazak gazetesinin tutumunu destekledi. Boşu boşuna ölmektense cepheye gitmeleri doğruydu lakin hükûmet onları askere çağırdığı kişilere silah da vermeliydi. Böylece bu savaşçı halk, modern silahları tanıyarak kendi savaştan sonra kendi askerî birliklerini de oluşturma imkânı bulacaktı.
Aradan çok vakit geçmeden Kazak gazetesinde Alihan Bökeyhanov’un, Rusya Devlet Duması üyelerine katliam yapılan yerleri gezme çağrısı yayımlamdı. Bunun üzerine Türkistan’daki durumu yerinde incelemek üzere aralarında Devlet Duması Müslüman Grubu Başkanı Kutluğ Muhammed Tevkeleyev ve ünlü mebus Aleksandr Kerenski’ninde bulunduğu bir heyet yola çıktı. Türkistan bölgesine Ağustos ayında gelen heyete Mustafa; tercüman, sekreter ve uzman araştırmacı olarak katıldı.
Semerkant, Fergana ve Sırderya vilayetlerinde incelemelerde bulunan heyet üyeleri gördükleri karşısında şoke oldular. Özellikle yerle bir edilmiş, kan ve çürümüş insan eti kokan Cizzak şehrini görünce dehşete düştüler. Büyük bir mezarı andıran şehirde, ağzını burnunu sararark dolaşan Kerenski, Mustafa’ya şehir merkezine ne zaman varacaklarını sordu. Mustafa şu anda tam da şehrin merkezinde olduklarını söyleyince onun sözlerine inanıp inanmamak tereddüt eden Kerenski “Bu nasıl bir dehşet böyle! Nasıl bir vahşilik! Yeter artık, bu görüntülere bakmaya daha fazla dayanamayacağım! Geri dönelim!” diyerek arkasını dönüp gitti. Heyet iki gün sonra Andican’a geldi. Gençliği Türkistan’da geçen, babası bu bölgenin eğitim kurumunda yöneticilik yapan Kerenski, 22 Ağustos 1916’da Andican Camisinin bahçesinde Türkistanlılarla Rusların dostluk ve barışı için dua etti. Burada yaptığı konuşmada, Çarlık Hükûmetinin insanlık dışı siyaseti yüzünden Rus demokrasisine ve şahsına herhangi bir sorumluluk yüklenemeyeceğini, Rusya’da iktidarın doğrudan halkın eline geçmesi için mücadele verdiklerini söyleyerek Türkistanlıların Ruslarla eşit haklara sahip olması gerektiğini belirtti. Bu sözler orada halkın hoşuna gitti ve herkesi heyecanlandırdı.
Aradan bir hafta geçtikten sonra Taşkent’teki Regina Otelinde verilen yemekte konuşan Kerenski, ilk konuşmasındaki hızını kesmeden Türkistan halkının haklarını koruma konusunda demokratik sorumluluklarını yerine getiremeyen Rus demokratlarını suçladı.
Bundan sonra Türkistanlılar, Kerenski’ye fazlasıyla ümit bağlayarak itiraz ve şikâyetlerini onun adına göndermeye başladılar. Hatta Çarlık Hükûmetiyle arabuluculuk yapmasını isteyenler de oldu.
Mustafa, 1916 yılının Kasım ayında Torğay Kazakları temsilcileriyle birlikte Kerenski’yi evinde ziyaret etti. Türkistan’dan cephe gerisinde çalıştırılmak üzere alınacak işçilerin yerine on bin at vermek istediklerini belirten temsilcilere Kerenski dürüstçe şunları söyledi: “Rus Hükûmetine güvenilmez. Hem atınızı alır hem de erkeklerinizi çalıştırır.”
Artık ayaklanmada sivil halkı katliamdan kurtarmanın yolunu arayan şahıslarla birlikte hareket etme zamanı gelmişti. Mustafa bu amaçla sık sık Türkistan’a giderek yerli aydınlarla görüşüp çeşitli propaganda çalışmaları yürütmeye başladı. Türkistan Ceditçilerinin gönüllü temsilcilerinden Ubaydullah Hocayev’in önderliğinde kurulan Tüzem Komisyonu’na da üye olmuştu. Hükûmet kurumlarının usulsüz hareketlerine, Kozak askerleri ile Rus göçmenlerin istedikleri gibi davranmalarına devamlı karşı çıkıyordu. Böylece iktidarın kışkırtması ve yüz vermesiyle zıvanadan çıkan silahlı Rusların yerli halka yaptığı zulme karşı mücadele etti. İnsan haklarını savununan, hukuk dilini ve Rusçayı çok iyi bilen bu delikanlıyı karşılarında görünce kanun dışı davranmayı şiar edinmiş devlet memurları ne söyleyeceklerini bilemiyorlardı. Cephe gerisinde çalıştırılacak erkeklere başkanlık yapmak, onlara süreci anlatmak, listeleri hazırlayan resmî kurumların haksızlıksızlıklarına itiraz etmek gibi işlerle uğraşan Mustafa, çeşitli sosyal işlere de katılıyordu. Yıkılan köyleri yeniden inşası ve göçen halkın geri dönmesi için yardım kampanyaları düzenliyordu.
Milletinin var olma mücadelesi verdiği bu sıkıntılı dönemde kendi eğitimini düşünemeyeceğini iyi biliyordu. Ayrıca maddî durumu da oldukça kötüydü. Hasta olan babası da ona yardım edemiyordu. Bu yüzden 15 Eylül’de Hukuk Fakültesi dekanına dilekçe yazarak kaydını dondurdu. Talebi kabul edildi ve kendisine özel bir kimlik verildi.
Hukukçu Mustafa, Hükûmetle hukukî yoldan mücadele etmek için çok çaba harcıyordu. Bu amaçla Devlet Duması kürsüsünü de kullanmak istedi. Katliamı gerçekleştiren ve yardım eden resmî şahıslarının ve eli kanlı yağmacıların listesini yaptı. Kargaşa sırasında Türkistan’ın ne kadar zarara uğratıldığını kesin rakamlar ve delillerle belgeleyerek Kerenski’nin önüne koydu. Meseleyle alakalı olarak 13 Aralık günü Devlet Duması’nın