istniał zwłaszcza pomiędzy I Brygadą Piłsudskiego a departamentem wojskowym NKN, na którego czele stał młody, ambitny inżynier pułkownik Władysław Sikorski, a szefem propagandy był profesor Stanisław Kot. Piłsudczycy zarzucali departamentowi, że w walce z nimi używa swoich austriackich kontaktów i że wobec Austriaków jest zbyt lojalny. Departament zarzucał I Brygadzie nielojalność i nieodpowiedni dobór personalny.
NKN jest uważany za emanację konserwatystów krakowskich. Ale ani pułkownik Sikorski, ani profesor Kot nigdy konserwatystami nie byli. Pułkownik Sikorski należał do lwowskiej grupy demokracji postępowej, a profesor Kot za młodu był nawet socjalistą. Ale w okresie departamentu profesor Kot zażarcie walczył z I Brygadą i z popierającymi Piłsudskiego socjalistami. Od tego czasu profesor Kot często solidaryzował się z redakcją „Czasu”, czy też pisywał w tym piśmie, tak że wiele ludzi uważało go za stańczyka, którym nigdy nie był.
Piłsudski nie był nigdy komendantem całych Legionów, ale tylko I Brygady. Zarówno NKN, jak Piłsudski uważali za wielkie nieszczęście rozproszenie brygad legionowych po froncie i starali się, aby wszystkie trzy brygady walczyły razem.
Zarówno walka bloku namiestnikowskiego z endecją, o której mówiłem w rozdziale o szkole krakowskiej, jak walka departamentu wojskowego z I Brygadą, odezwą się jak czkawka w późniejszej historii Polski.
Piłsudski chciał się przede wszystkim bić, uważał, że żołnierza polskiego nie będzie, dopóki ten żołnierz nie przejdzie ognia, że on sam nie zostanie wodzem, dopóki na szyszaku swoim nie będzie miał promieni walki, jeśli nie zwycięstwa. Więcej sobie cenił autorytet, który się nabywa osobistym pobytem na froncie, aniżeli uprawianie polityki w Krakowie czy w Wiedniu. Piłsudski jest na froncie, bije się ze swą brygadą, zdobywa dla niej uznanie komunikatów niemieckich, uznanie dowódców niemieckich. Brygada pogardza Austriakami.
Niemcy wkraczają do Warszawy dnia 5 sierpnia 1915 roku. Nastrój warszawiaków jest chłodny dla Legionów. Warszawa nienawidzi Niemców, jakkolwiek Niemcy wprowadzają samorząd z polskim językiem urzędowym, otwierają polski uniwersytet i politechnikę, zatwierdzają milicję w ułankach na ulicach miasta i tolerują ujawnianie uczuć polskich. Na czele administracji niemieckiej w Królestwie staje generał Beseler, człowiek charakteru zacnego, głęboko wykształcony, do Polaków usposobiony jak najlepiej. Ale wszystko to nie przełamuje nastrojów nieufności do Niemców, a głód i uciążliwe rekwizycje niemieckie powodują rozdrażnienie, zwrócone także przeciwko legionistom jako sojusznikom Niemiec. Miarą nastrojów będzie przemówienie nestora kupiectwa warszawskiego, pana Stanisława Bruna. „Zmienia się teraz ruble na marki, czyli jak u nas mówią, pieniądze na marki” – mówił Brun, a Sławek idąc w mundurze legionisty ulicami Warszawy usłyszał, jak jakaś pani wskazała na niego, mówiąc do swojej córeczki: „Patrz, oto taki pan, który chce zabić twego tatusia”. Sławek bez rumieńców na twarzy nie mógł mówić o tym wydarzeniu jeszcze po dwudziestu latach.
W roku 1916 Piłsudski uważa, że Legiony zyskały już dostateczną reputację wojskową i czyni z nich atut w grze politycznej, używając ich jako środka nacisku na okupantów dla uzyskania czegoś konkretnego w sprawie polskiej. Wstrzymuje werbunek do Legionów, werbunek ten jednak jest dalej prowadzony przez departament wojskowy. Piłsudski podaje się do dymisji i opuszcza Legiony. Zaczyna się w tym czasie niedostatecznie jeszcze wyświetlona gra pomiędzy rządami austriackim a niemieckim w sprawie polskiej. Przekształceniu Austrii z państwa austriacko-węgierskiego na państwo austriacko-polsko-węgierskie przeciwni są Węgrzy uważając, że zmniejszy to ich znaczenie w monarchii. Jest to, mówiąc nawiasem, dowód dużej krótkowzroczności, tak często ujawniającej się w wielkiej polityce. W danym wypadku krótkowidzem był znakomity mąż stanu i wielki charakter hr. Tisza. W Warszawie na Beselera i jego urzędników coraz większy wpływ uzyskuje Studnicki. Wreszcie dnia 5 listopada 1916 roku ukazuje się manifest dwóch cesarzy, zapowiadający utworzenie Królestwa Polskiego z ustrojem konstytucyjnym i z własnym wojskiem. Granice nowego państwa mają być określone „później”. Manifest ten odczytany jest na Zamku Królewskim w Warszawie (zburzyło go bombardowanie niemieckie w roku 1939) w sali asamblowej przez Beselera, po czym orkiestra niemiecka zagrała „Jeszcze Polska…” i na zewnątrz zamku wywieszono polskie chorągwie. Przed zamkiem stały tłumy, wśród nich członkowie Polskiej Organizacji Wojskowej (POW)1 zaczęli wznosić okrzyki: „Nie ma państwa bez wojska, nie ma wojska polskiego bez Józefa Piłsudskiego!”, „Niech żyje Piłsudski!” itd.
Brygadier Piłsudski był wtedy w Krakowie i wziął udział w uroczystym nabożeństwie na Wawelu z powodu Aktu 5 listopada. Przyjechał do Warszawy, gdyż mianowany został członkiem Tymczasowej Rady Stanu, która się zebrała w ilości dwudziestu pięciu członków, z tego piętnastu mianowanych przez generał-gubernatora niemieckiego, a dziesięciu przez generał-gubernatora austriackiego, gdyż Królestwo było podzielone na okupację niemiecką i austriacką, a stolicą austriackiej był Lublin. Marszałkiem koronnym Rady Stanu wybrany został pan Niemojowski, wnuk przywódcy stronnictwa kaliszan sprzed 1830 roku, którego kwalifikacje polityczne ograniczały się mniej więcej do tej okoliczności, dyrektorem departamentu wojskowego został Piłsudski, dyrektorem departamentu spraw zagranicznych – Wojciech hr. Rostworowski, późniejszy senator. Studnicki miał być bojkotowany przez członków Rady Stanu, jako narzucony przez Beselera, ale to się nie udało. Komisarzem ze strony niemieckiej był hr. Lerchenfeld, jego zastępcą – Bohdan hr. Czapski, komisarzem austriackim był Polak baron Konopka, jego zastępcą – Ignacy Rosner, późniejszy redaktor „Kuriera Polskiego”, świetny publicysta pisujący pod pseudonimem „Zm.”
Piłsudski urządził rewię POW i oddał POW pod władztwo Tymczasowej Rady Stanu.
Ale Niemcy zażądali teraz wojska od narodu i chcieli formować je bez polskich oficerów, a nawet bez podoficerów, bez artylerii. Na to nikt nie poszedł. Do biur werbunkowych prawie nikt się nie zgłosił. Tymczasem zaczęła się rewolucja rosyjska. Mikołaj II abdykował na rzecz Michała Aleksandrowicza, a Michał korony nie przyjął. Piłsudski zaczął przemyśliwać, czy sprawy budowy wojska polskiego nie przerzucić na teren rosyjski, który dawał już teraz większe możliwości zorganizowania dużego wojska. Rząd austriacki ustąpił Beselerowi dowództwo nad całym Polskim Korpusem Posiłkowym. Zażądano obecnie od Legionów przysięgi na braterstwo broni z wojskami niemieckim i austriackim, wierności przyszłemu królowi polskiemu oraz posłuszeństwa cesarzowi Wilhelmowi, jako wodzowi naczelnemu. W początkach wojny Piłsudski musiał się zgodzić na daleko bardziej przykrą przysięgę cesarzowi austriackiemu i nawet na nałożenie swemu oddziałowi upokarzających czarno-żółtych opasek austriackiego landszturmu2. Ale to były początki i bez tego upokorzenia Piłsudski w ogóle nie mógłby rozpocząć swego legionowego czynu. Teraz sytuacja inaczej się już przedstawiała, przysięga żądana przez Niemców była krokiem wstecz, a nie krokiem naprzód ku polskiej niepodległości, i Piłsudski nakazał legionistom odmówić złożenia przysięgi. Większa część legionistów przysięgi odmówiła, została aresztowana i osadzona w obozach w Szczypiornie i innych, a oficerowie w Beniaminowie. Pewna ilość oficerów starała się jednak nie opuścić żołnierzy i poszła pod fałszywymi nazwiskami do obozów żołnierskich. Aresztowanych niezaprzysiężonych legionistów eskortowali na ulicach Warszawy legioniści zaprzysiężeni. Piłsudski i kilku jego zwolenników ustąpiło z Tymczasowej Rady Stanu. Od tego czasu datuje się rozłam i walka pomiędzy legionistami z jednej strony a „aktywistami”, tj. tymi, którzy nadal chcą budować Polskę przy pomocy Niemców – z drugiej. Piłsudski został aresztowany dnia 22 lipca 1917 roku wraz ze swoim szefem sztabu pułkownikiem Sosnkowskim i osadzony w Magdeburgu. POW Niemcy rozwiązali, lecz pozostała ona jako organizacja tajna i po upływie kilku miesięcy rozpoczęła nawet terrorystyczną walkę z okupantem niemieckim.
Jednak Niemcy nie zrezygnowali z dalszej organizacji pseudowładzy w Polsce. Dnia 14 października powołano Radę Regencyjną