hikâye ise farklı bir Şah’ın, Şah İsmail ibn Haydar ibn Cüneyd Safevi’nin belli bir dönemini anlatır. Lala Hüseyin, Şah’ın en yakını ve en güvendiği kişidir. Aralarında sadece ikisinin bildiği bir sır vardır. Şah, Lala’dan kendisine benzeyen, zeki birini bulmasını ister. Amacı zamanı geldiğinde onu kendi yerine geçirmektir. Lala da Şah’ın güvenliği için bunun gerekli olduğuna inanır. Yazarın bu bölüme düştüğü not, romanın neden iki farklı kurgudan oluştuğuna dair bir açıklama niteliğindedir:
Eksik El Yazması’nın ikinci parelel kolu, yani Şah İsmail’le ilgili hikâyesi böyle başlıyor ve ilk defa burada kesiliyor. El yazmasının metni biraz evvel sanki hiçbir şey olmamış gibi tamamen başka bir zaman ve konu düzlemine geçtiği gibi yine aynı biçimde eski ahengine ve istikametine girip devam ediyor. Şimdi siz de buna şahit olacaksınız. (s. 77)
Lala Hüseyin, Şah’a herkesten yakındır. Devlet işleri ona sorulmadan yapılmaz. Vezirler ve saray çalışanları ondan çekinir. Lala, Şah’ın verdiği bu görevi de başarıyla yerine getirir. Onun istediği gibi, kendine benzeyen, Hızır adlı akıllı bir genci bulur ve Şah’la tanıştırır. Lala onun eğitimi ile de alakadar olacak ve onun Şah gibi yürümesini, hareket etmesini, konuşmasını sağlayacaktır. Lala ile Şah arasında geçen şu konuşma niyetlerini ortaya koymaktadır:
Ben şehre vezirle çıkacağım. Ama ona bu konuda bir kelime bile söylemeyeceksin. Sen biliyorsun. Esas maksadımız benim aynı anda iki ayrı yerde olduğuma halkı, cemaati, saray ehlini, çocuktan büyüğe herkesi inandırmaktır. Biz seninle böyle konuştuk. Hemen hazırla bunu, yürüyüşümü, tavrımı, edamı bir güzel öğrensin, ama… sanıyorum ki yüz örtüsüz daha çabuk olur… (s. 107)
Hızır, Şah’ın istediği gibi kabiliyetli bir çocuktur. Lala, ona santraç oynamayı öğretir, ayrıca bu genç, güzel şiirler yazmaktadır. Zaman içinde Şah, onun halk içine çıkmasına da izin verir. Hareketleri ve tavırlarıyla o kadar Şah’a benzer ki, kimse onun sahte olduğuna inanmaz. Şah ve Hızır gül bahçesinde, gözlerden uzak santraç oynayıp şiir hakkında konuşurlar. Hızır giderek görgüsünü ve bilgisini arttırır.
Romanda bu iki farklı hikâyenin ortak bir noktası da gül bahçesi, kızıl güllerin dalları arasında sıkışıp kalan kuş temasıdır. Yazar, hem Bayındır Han’a, hem de Şah İsmail’e güllerin dikenli dallarına takılan kuşları özgür bırakmaları için merhamet vermiştir. Bayındır Han, Kılbaş’a, Şah İsmail ise Lala’ya aynı emri verirler; ayrı zamanlarda, ayrı ülkelerde, ama aynı duyarlılık ve erdemle… Bayındır Han’ın kurtardığı kuş, casusu simgelerken, Şah’ın kurtardığı kuş ise bir açıdan Hızır’ı simgeler. Çünkü savaşa giderken Şah, Hızır’a “Artık sen hürsün şair! Bunu hiç hayalinden geçirmedin mi? Git, git muhafızların seni bekliyor. Kaçıp kurtulma zamanıdır. Ordu bozuldu… Ben ise…” (s. 147) der.
Bayındır Han, istese casusu yaklayabilir, ama onun amacı gül bahçesini yani Oğuz’u korumaktır. Şah da istese savaşa gitmez ve yerine Hızır’ı geçirmezdi, ama ülkesinin ve tahtının devamı için kendini feda eder.
Hızır, Hatayî mahlasını alarak şiirlerine devam eder, Şah bu şiirleri saatlerce usanmadan dinler. Bu sırada yanlarında olan Lala, onların karakterlerini değerlendirir. Şah ne kadar cesur, atılgan, kararlı biriyse, Hızır da tam tersine bir o kadar merhametli, narin ve duygusaldır. Hızır’ın hayatı normal seyrinden Çaldıran Savaşı ile ayrılır. Yavuz Sultan Selim ile Şah’ın Çaldıran adlı bir köyün yakınlarında yaptıkları bu savaş, her şeyi değiştirmiştir. Şah bizzat savaşa katılmış, Lala ise savaş meydanında kaybolmuştur. En son, vurularak attan düştüğünü görenler olmuştur. Şah büyük kayıplar verir; cephenin sağ ve sol kanatları çökmeye başlar. Dülkadir’in hayinliği de işleri iyice bozar ve kaçınılmaz son büyük bir hızla gelmektedir. Bozulan ordusunu gören Şah İsmail, peçesini takıp kendi yerine geçmesi için Hızır’a emreder. Kendisi gökten işittiğini söylediği o çağrıya doğru gideceğini söyler, ama Hızır buna izin vermek istemez. Şah çadırının yakınlarına düşmeye başlayan top sesleri arasında savaş meydanına gider. Çadırda tek başına kalan Hızır’ı Şah sanan askerler onu kaçırır. Artık Hızır gerçekten Şah olarak, görevini yerine getirmeye başlayacaktır. Yazar, Şah ile Hızır’ın arasındaki bu anlaşmayla; şahısların değil, ülkenin ve halkın önemli olduğunun altını çizmektedir:
Hazır mısın? Sen şimdi artık, bensiz, Lala’sız, kendi başına sadece kendin çıkarsın meydana. Ne ben varım, ne de Lala Hüseyin Bey! Hiç kimsenin de Hızır’dan haberi yok! Anla, Şah ölmez! Hiç ölmez! Ben ise ölmeliyim. Bir de ben bu öfkeyi onda bırakmam. Şimdi bak, ben atıyorum kendimi savaşın en kanlı yerine. Baş bir yana, leş bir yana… Allah ya bana verir, ya Selim’e....
… Becerirsin, öyle bir becerirsin ki! Bu savaş gelip geçici bir şeydir. Birazdan yine güneş doğacak, sabah olacak, memleket de senin olacak. Şaşırma! Ben sana bu büyüklükteki bir ülkeyi bırakıp gidiyorum. Herkesten gizli! Hiç kimse bunu bilmeyecek, öğrenmeyecek! Sen ben olacaksın. Sonraki bütün zamanlarda da aslında sen varsın, ama zahirde ben… Yani ben de yine varım. Hazır mısın? (s. 146)
Hızır’a bu konuşmayı yapan Şah İsmail, çadırdan çıkıp kendini savaşa atmadan önce son olarak Hızır’a “Bir de şunu bilmeni istiyorum. Benim adım Şah İsmail’dir, ama ben asıl Şah İsmail değilim.” der. (s. 147) Yazar, aslında bunun geçmişe dayanan ve gücün yenilmeyeceğini, ölümsüzlüğünü gösteren bir hareket olduğunu vurgular. Okuyucuya, “Şah İsmail asla ölmez, asla yenilmez” fikrinin daima yaşatılmaya çalışıldığını gösterir. Bu, Stalin öldüğünde halkın verdiği tepkiyle aynıdır; o zaman da halk, “Stalin ölemez!” diyerek, onun öldüğüne inanamaz. Gücün büyüklüğü, ölümsüzlük fikriyle beslendiğinde insanlar üzerinde korkulu ve tartışılmaz bir egemenlik hakkı kullanılmaktadır. Yıllar sonra aslında savaşta ölmeyen, Osmanlı’ya esir düşen Lala Hüseyin ülkesine geri döner ve hemen saraya gider. Artık saraydaki tüm yüzler değişmiştir; kimse onu tanımaz. Bir türlü Şah’ın huzuruna çıkamaz. Yüzbaşı Rahim ile tanıştıktan sonra bu emeline ulaşır, ama onu büyük bir süpriz beklemektedir. Yüzbaşı Rahim’e Osmanlı’ya esir düşen Behruze Hanım’dan Şah’a haber getirdiğini söyler. Bunu duyan vezir, Lala’nın Şah’la görüşmesini sağlar. Şah, vezirine her şeyi anlatmıştır, bu yüzden ikisi de endişelidir. Lala ile görüşeceği gün Şah’ın eşi Taçlı Hanım, rüya gördüğünü, iyi şeylerin olmayacağını söyleyerek, ağlar.
Rüya da her iki hikâyenin önemli öğelerinden biridir. Dede Korkut’un rüyaları, Nur Taşı’nın ona verdiği ilham, efsanelerin vazgeçilmez detaylarındandır. Taçlı Hanım’ın da gördüğü ve Şah’ın sonunu gösteren bu rüya, romanın gerçeküstü unsurlarındandır. Rüyaların tersi çıktığı söylense de Taçlı Hanım’ın rüyası, romanda anlatılan “gerçek hayata” yansır.
Lala Hüseyin, Şah ile karşılaşınca onun Hızır olduğunu hemen anlar. Şah İsmail’e ne olduğunu sorunca Hızır, başından geçenleri, çadırda yaptığı konuşmayı, savaşa gidişini, her şeyi anlatır. Lala, duyduklarına inanmak istemez ve ona karşı sert çıkışlarda bulunur. Eski mazlum, sessiz Hızır, eline güç, iktidar geçince Lala’ya; “Sus artık! Haddini bil! O günler geçti. Şimdi Şah benim. Bir tek emrim, bir tek el işaretim… Anla artık, bir tek bakışım yeter, seni…” (s. 262) Lala Hüseyin, karşısında duran Hızır’ı bir türlü Şah olarak, kabul edemez. Ne var ki, onu kendi yetiştirmiş, bugünlere gelmesinde önemli pay sahibi olmuştur. Lala;
… Demek